När ett CNC-system aktiveras, programmeras de önskade skärningarna in i programvaran och dikteras till motsvarande verktyg och maskiner, som utför de dimensionella uppgifterna som specificerats, ungefär som en robot.
I CNC-programmering kommer kodgeneratorn inom det numeriska systemet ofta att anta att mekanismerna är felfria, trots risken för fel, vilket är större när en CNC-maskin riktas att skära i mer än en riktning samtidigt. Placeringen av ett verktyg i ett numeriskt styrsystem beskrivs av en serie ingångar som kallas detaljprogrammet.
Med en numerisk styrmaskin matas program in via hålkort. Däremot matas programmen för CNC-maskiner till datorer genom små tangentbord. CNC-programmering finns kvar i en dators minne. Själva koden är skriven och redigerad av programmerare. Därför erbjuder CNC-system mycket mer expansiv beräkningskapacitet. Det bästa av allt är att CNC-system på intet sätt är statiska eftersom nyare uppmaningar kan läggas till redan existerande program genom reviderad kod.